1、主体资质审核：企业需具备进出口经营权，持有有效营业执照、海关报关单位注册登记证书。若涉及加工贸易，还需额外提供加工贸易经营企业经营状况和生产能力证明（由商务主管部门出具）。

2、特殊监管区域备案：入驻云南综合保税区的企业，需向主管海关提交区域内企业注册备案申请，提供园区入驻证明、仓储/加工场地证明等材料，完成海关联网监管系统接入（对接金关二期保税底账系统）。

3、分类管理认定：海关根据企业信用等级（AA、A、B、C、D类）实施分类管理，不同类别企业在保证金台账设立、查验比例等方面享有不同政策。云南企业需提前向主管海关申请信用等级评定，确保享受对应通关便利。

1、加工贸易合同审批：从事来料加工、进料加工的企业，需先向云南省商务厅或属地商务主管部门提交加工贸易业务申请，提供加工贸易合同、进出口商品清单等材料，审核通过后领取《加工贸易业务批准证书》。

2、经营范围审批：采用电子账册、电子化手册管理的企业，需凭《经营范围批准证书》及生产能力证明，向海关申请联网监管，建立电子账册（适用于大型企业）或电子化手册（适用于中小批量合同）。

3、禁止/限制类商品核查：企业需提前核对加工贸易禁止类、限制类商品目录，确保拟进出口商品不属于禁止类范畴（禁止类包括高能耗、高污染、低附加值商品等）。若涉及限制类商品，需额外提供相关许可文件。

基础单证：商业发票、装箱单、提运单（海运/空运/陆运）、贸易合同；

审批单证：《加工贸易业务批准证书》、许可证件（涉及限制类商品时，如进出口许可证、两用物项许可证等）；

监管单证：保税核注清单（金关二期系统核心单证）、加工贸易登记手册（纸质/电子）、保税仓库登记证书（涉及仓储业务时）；

特殊单证：原产地证明（享受关税优惠时）、商检证明（法定检验商品）、质量鉴定证明（退运货物时）。

1、进口备案流程（境外货物入区）

保税核注清单申报：企业通过金关二期保税底账系统，填报《保税核注清单》，准确录入货物名称、HS编码、规格型号、数量、单价、原产国、拟存放保税仓库等信息，提交主管海关审核。核注清单是保税货物监管的核心单证，需确保与后续备案清单信息一致。

进出境货物备案清单申报：核注清单审核通过后，企业需在海关电子口岸系统填报《进出境货物备案清单》（一式三份，加盖“保税货物”专用章），关联对应的核注清单编号，并上传商业发票、装箱单、提运单等配套单证。若货物属于法定检验商品，还需提交商检证明文件。

海关审核与查验：海关对申报材料进行实质性审查，重点核查HS编码归类准确性、申报价值与贸易单据一致性、原产地证明合规性等。若需查验，企业需配合海关在进境口岸或综合保税区内指定场所实施查验（核对品名、规格、数量等是否与申报一致）。

保证金台账管理：根据企业信用等级和商品类别，海关确定是否需要设立加工贸易银行保证金台账。AA、A类企业进口允许类商品可实行“不转”（不设立台账），B类企业进口限制类商品可能需实行“半实转”或“实转”（缴纳部分或全部保证金），C、D类企业实行“实转”。企业需凭海关出具的台账开设通知，到指定银行办理保证金台账设立手续。

货物入区与核放：海关放行后，企业需使用海关备案车辆运输货物（运输路线需提前申报，变更需报备），车辆到达综合保税区卡口时，需出示核注清单关联的车辆核放单，卡口系统核对无误后放行。货物入库时，企业需与仓库管理人员共同完成“三核对”（品名、规格、数量），并将货物信息录入仓储管理系统（WMS），同时由仓库经理签收确认。

2、出口备案流程（区内货物出境）

货物出库准备：企业从综合保税区仓库提取货物出库，需在WMS系统中录入出库信息，生成出库单，并确保货物与原进口备案信息完全匹配（品名、规格、数量一致）。

保税核注清单申报：通过金关二期系统填报出口方向的《保税核注清单》，关联对应的进口核注清单编号（若为加工贸易成品，需关联料件进口核注清单），提交海关审核。

车辆核放与出区：核注清单审核通过后，企业将核注清单与车辆核放单捆绑，海关卡口核查车辆备案信息和核放单无误后，允许车辆出区。若遇核放单查验，需完成查验后方可出区。

进出境货物备案清单申报：车辆到达离境口岸后，企业在电子口岸系统填报《进出境货物备案清单》，上传商业发票、装箱单、提运单等单证，申报出口。若货物涉及许可证件管理，需提交出口许可证件。

海关放行与离境：海关核查货物是否经过实质性加工、是否存在擅自处置等情况，审核通过后放行。货物装载运输工具离境后，企业需及时向海关反馈离境信息，完成出口备案流程。区内货物出境免征出口关税（法律另有规定除外）。

1、 区外货物入区（视同出口，可享出口退税）

转入企业申报进口核注清单：综合保税区内企业（转入方）通过金关二期系统填报《进口保税核注清单》，准确录入货物信息、区外发货企业信息等，提交海关审核。

转出企业申报出口单证：若转出企业为加工贸易企业：需关联转入企业的进口核注清单，填报《出口保税核注清单》，无需额外申报报关单；

若转出企业为一般贸易企业：需关联转入企业的进口核注清单，填报《出口货物报关单》（注明“保税入区”），上传商业发票、装箱单、运输单据等，申报出口。此类业务视同出口，企业可按规定申请出口退税。

车辆进区与核放：转出企业使用海关备案车辆运输货物，到达综合保税区卡口时，出示关联核注清单的车辆进区核放单，卡口系统核对无误后放行。若遇查验，需完成查验后方可进区送货。

货物入库确认：货物进入区内仓库后，区内企业需完成“三相符”（单证相符、单单相符、单货相符）核对，录入WMS系统，并向海关反馈入库信息。

2、区内货物出区（分加工贸易、一般贸易）

情形一：出区至区外加工贸易企业（保税流转）        区外加工贸易企业（转入方）先申报《进口保税核注清单》；

区内企业（转出方）关联该进口核注清单，申报《出口保税核注清单》；

区内企业捆绑车辆出区核放单，车辆出区经卡口核查后，送货至区外加工贸易企业，完成保税货物流转。

情形二：出区至区外一般贸易企业（内销征税）        区内企业申报《出口保税核注清单》，注明“内销”用途；

区外一般贸易企业（进口方）关联该出口核注清单，填报《进口货物报关单》，申报时需缴纳进口关税和进口环节代征税（若涉及保税料件，需征收缓税利息，边角料除外）；

海关审核通过并征收税款后放行，区内企业捆绑车辆出区核放单，车辆出区经卡口核查（触发报关单查验或结关）后，送货至区外企业。

情形三：设备进出区 区内企业从境外进口自用设备：按“境外设备进区（监管方式代码5335）”申报，可享受免税政策，需提交设备清单、发票等单证；

区内设备出区或退运：按“区内设备退运（5361）”或“设备进出区（5300）”申报，若已享受免税，需补缴税款（特殊情况除外）。

核销期限：纸质手册、电子化手册的核销期限为手册有效期届满之日起30日内；电子账册的核销为每年核销一次，或按海关规定的周期核销。

核销准备：企业整理加工贸易期间的所有单证，包括进口核注清单、出口核注清单、报关单、仓储记录、加工生产记录、边角料处置记录等，确保料件进口、加工、成品出口的数量平衡（进出基本平衡）。

申报核销：通过金关二期系统提交核销申请，上传核销报表（包括料件进口明细、成品出口明细、边角料处置明细等），并向主管海关提交纸质单证（若海关要求）。

海关审核：海关对核销资料进行审核，必要时开展实地核查，确认企业是否存在擅自内销、料件短少、超期存放等违规行为。审核通过后，海关办理核销结关手续，对需补缴税款的（如内销未申报），通知企业补缴税款和缓税利息。

库存核查：保税仓库企业需每月对库存货物进行盘点，确保库存数量与海关底账一致，盘点记录需留存备查（至少保存3年）。

单证核销：货物出库后（出境或出区），企业需及时关联对应的进口核注清单和出口核注清单，完成底账核销。若货物发生退运、退换，需单独申报核销，提交退运证明、质量鉴定报告等材料。

年度核查：海关每年对保税仓库进行年度核查，企业需提供仓储业务报表、库存清单、单证保管记录等资料，配合海关核查。

沿边贸易优势：云南作为沿边省份，部分保税业务可享受边境贸易相关优惠政策，企业需提前咨询属地海关（如昆明海关、瑞丽海关等），确认政策适用条件。

转关运输管理：涉及陆运转关（如从瑞丽口岸转关至昆明综合保税区）的货物，需提前办理转关手续，使用海关监管车辆运输，运输路线需按海关指定路线行驶，不得擅自变更。

单证保管：所有报关单据（包括核注清单、报关单、商业发票、合同等）需至少保存3年，以备海关稽查。

运输监管：保税货物运输必须使用海关备案车辆，车辆信息需在海关系统登记，运输过程中需携带相关监管单证，避免擅自改装、调换货物。

内销管理：保税货物转内销必须提前向海关申报，补缴税款，严禁擅自内销（否则将面临行政处罚，包括罚款、暂停保税业务等）。

系统对接：企业的WMS系统（仓储管理系统）需与海关监管系统实现数据交换，确保货物进出库信息实时同步，避免数据脱节导致的监管风险。

查验异常处理：若货物查验时发现单证不符、单货不符，企业需及时补充材料，说明情况，配合海关调查，避免延误通关时效。

超期监管处理：保税货物若超过准予保税期限（如加工贸易料件超期未加工出口），企业需提前向海关申请延期，未申请延期的，海关将按规定征税或处罚。

政策咨询渠道：企业可通过昆明海关官网、属地海关政务服务大厅、12360海关热线等渠道，咨询云南保税报关相关政策和操作疑问，确保业务合规。